1368年，明太祖朱元璋在此称帝，建都称作南京，是南京建称之始。1368年建立明朝，以南京为京师，南京成为中国的政治、经济、文化中心，迎来历史上的第二次高峰。明初京师总人口约70万人，是当时中国规模最大、人口最多的城市，也是全世界最大的城市，修造历时达27年的南京明城墙，是世界第一大城垣。鸡笼山麓的国子监学生多达近万人，还有日本、朝鲜、安南、琉球等国的留学生在此学习。
宋代的南京是中国南方地区的政治、经济、文化中心，江宁府是北宋时期中国南方唯一的府级建制，是江南和东南地区等级最高的行政机关。北宋政治家王安石曾3次以宰相之位担任江宁知府，并定居、终老于此。北宋末年，靖康之难引发人口第三次大南迁，南京再次成为经济中心，也是当时世界大都市之一。1129年改称建康府，定为行都。1138年改建康为留都，仍有帝王行宫在此，成为南宋重要的军事、政治和经济中心，时人称曰“国家之根本在东南，东南之根本在建康”、“非据建康无以镇东南”。
